それから5年後の寛永15年（1638）川越城下は火の海に包まれます。｢寛永の大火｣と呼ばれるこの大火事で、喜多院は山門を残し、ほぼ全焼。東照宮も焼け落ちました。しかし、大火後直後、徳川家光より喜多院復興の命が下ると、まず東照宮の再建が行われたといい、寛永17年（1640）に完成しました。

本殿や拝殿の周りにある石灯籠には、歴代城主の銘が刻まれています。歴代城主がそれぞれ奉納したものですが、江戸幕府の重臣であった川越城主の名前を見ると、歴史の重みを感じさせてくれます。また、所蔵の文化財として、国の重要文化財に指定されている｢三十六歌仙絵額｣、県指定文化財の｢鷹絵額｣が広く知られています。