日本的航空业相当发达。日本主要的航空公司有日本航空公司（JAL）、日本全日空航空公司（ANA）、日本航空系统公司（JAS）。这些公司都有与欧洲、亚洲和美洲等各主要城市的庞大的航线网络。另外，世界各国的主要航空公司也有飞往日本各主要城市的飞机航班。如东京－汉城、东京－洛杉矶、东京－纽约、东京－里约热内卢、东京－温哥华、东京－法兰克福、东京－伦敦、东京－马德里、东京－巴黎、东京－罗马、东京－维也纳、东京－曼谷、东京－北京、东京－香港、东京－悉尼等。

    1998年9月，日本蓝天航空公司正式开始经营定期客运航空业务，而且，一开始就推出“半价机票”服务，吸引了众多乘客，该公司的班机座位利用率达到80%以上。使得日航、全日空和日本空运系统3家老牌航空公司的座位利用率不断下降。 据统计，2001年，日本国内定期航空运输运送旅客9458万人，比去年增长1.8%，运送货物836076吨，比去年减少10.1%。国际航空运送旅客1690万人，比去年减少13.5%，货物运输量为1032865吨，比去年减少11%。