京都自桓武天皇时期，从长冈京迁到平安京以后开始发展。为了摆脱南都奈良一带寺院势力的影响，784年，长冈京的建设者藤原种继遭到反对势力的暗杀。京都也是天智系为了摆脱天武系而建设起来的都城（794年）。平安京是按照中国隋唐时代的京都格局设计出来的城市，它四周被山所围，东临鸭川，西有桂川逶迤向南流过，内部模仿长安设计成长方形。现在的千本路即相当于当时的朱雀大路，京城正北是船冈山。

随着平安律令逐渐式微，京都变成以鸭川和大内里御所为中心的都市，在经济上有所发展。镰仓时代政权因为移到了镰仓，相对的政治城市的色彩减弱，而逐渐变为经济城市。室町时代因为室町幕府位于京都，其作为政治都市的一面又有复活，为了经济发展，养成了由被成为是“町众”的有力市民的自治的传统。

作为日本的战国时代的开端的应仁之乱，使得城市几乎被烧尽。此后被卷入战乱中，一时衰弱下来。这时候的京都，分为上京和下京。在这之后，在织田信长和丰臣秀吉的保护以及“町众”的支持下，又逐渐复兴。特别是丰臣秀吉对都城进行了大规模的改造，对散落在各处的寺院进行建设，现在在京都的都市构造中还能看到当时的痕迹。

17世纪政治中心转移到江户（今东京），京都人口超过50万，成为继江户、大阪之后的日本第三大经济都市。明治维新以后设立京都府，将以前的京都分为“上京区”和“下京区”。1889年，上京区和下京区合并为京都府管辖下的京都市。

现在的京都市因为将周边的村庄合并，以前京都的范围严格的说仅是现在京都市内的一部分，和现在的京都府，京都市都有所不同，但京都这个称呼一般就是指京都市。