富士山顶设有富士山本宫浅间大社，用于祭祀富士山的神灵。因此，在富士山八合目以 上除去登山道和气象观测所之外的385万平方米土地，都属于该神社所有。但是，由于无法确定静冈县和山梨县的边界，因此没有取得土地所有权登记。

浅间大社内供奉的神灵，为在记纪神话中出现的女神“木花开耶姫命”（コノハナサクヤヒメ，Konohanasekuyahime）。但是，目前仍不清楚从何时起这位女神成为了护佑富士山的神灵。

在古代的常陆国风土记中记载有关富士山神和筑波山神的传说。据说，天神拜访富士山神的住处，请求留宿，但是被主人以正在斋戒为由拒之门外。后来天神拜访筑波山神，也请求留宿，结果受到了欢迎。因此，此后筑波山上人流不断，而富士山却遭到了终年积雪的惩罚。

平安时代的文学作品《更级日记》中，记载了当时一些人认为富士山神可以决定朝廷次年的人事更替的观念。

到了江户时代，攀登富士山也在平民百姓中流行起来。平民们由于对富士山强烈的信仰，特地在江户各地堆起了许多富士冢。所谓“富士冢”，就是在能够眺望到富士山的地方用土堆起的人工小山丘，在山丘顶部也建有浅间神社供人参拜。因此，不能去富士山的人也能够在当地体验一下攀登富士山的感觉。这样的富士冢很多被命名为“浅间山”或者“朝熊山”。另外从港湾眺望到富士山的地方，也有建立浅间神社的石碑的风俗。

在高涨的富士山信仰的背景下，江户时代诞生了许多以富士山信仰为基础的神道教佛教混合的新宗教。这些宗教在江户进行施教，建立组织，许多都达到对幕府构成威胁的规模，因此遭到了幕府的镇压。这些宗教在明治维新中得以保存，与现在的实行教、丸山教和扶桑教等都有着渊源。即使在现代，也有许多以富士山信仰为基础的组织，例如奥姆真理教和法华三法行等都在富士山的山麓设立总部。