别府的住宿从风情万千的温泉旅馆到方便程度高的饭店，从低价位可供长期留驻的疗养温泉住宿设施到高级酒店，可选余地众多，这是别府住宿的特点。不管是举家前行还是单独旅行都能找到适合的下榻之所。

温泉旅馆

客房一般以榻榻米的日式房间为主，配备床的洋式房间加日式房间或只有洋式房间的旅馆有增加的趋势。住宿一晚带早晚两餐的住宿费每人10000到20000日元左右（约合人民币800-1600元）。价格随设施、日期、季节会有浮动。每年的年末年初、5月的黄金周、夏季放假期间最为繁忙。

饭店

别府站附近增多的不少以洋式客房为主的现代型饭店。大多数配有温泉洗浴设施，即便捷又能享受温泉。适合单身旅游、商务外出的顾客。

疗养馆

旅馆的一种类型，面向长期逗留的疗养客人。住宿费每天3000到5000日元（约合人民币250-400元），在逗留期间可以自己做饭，较适于那些想尝试特色体验的游客。