长崎饮食文化的代表有烧酒和火锅菜肴。长崎一带的烧酒配以各种菜肴，形成了独特的烧酒文化。热乎乎的炸鱼丸子、生鱼、生鸡肉片、黑猪肉等作为佐酒菜，用黑色的萨摩烧日本酒杯斟酒，别有一番情趣。另外，临山傍海的自然环境使火锅种类繁多，游客可以品尝山珍海味。除了卓袱菜、中国风味的日本菜，长崎还有正宗的中国菜。筑町市场、馆内市场都是长崎市民大快朵颐的地方。从东中国海到大村湾、五岛等处，均是鲜鱼满仓。