距今大约1万1千年前，古富士的山顶西侧开始喷发出大量熔岩。这些熔岩形成了现在的富士山主体的新富士。此后，古富士与新富士的山顶东西并列。约2500-2800年前，古富士的山顶部分由于风化作用，引起了大规模的山崩，最终只剩下新富士的山顶。

　　据估计，距今1万1千年前到8千年前的3000年间，新富士山顶仍在不断喷发出熔岩。此后，山顶部没有新的喷发，但是长尾山和宝永山等侧火山仍有断断续续的喷发活动。
　　史上关于喷发的文字记载有：公元800年-802年（日本延历19-21年）的“延历喷发”，以及864年（日本贞观6年）的贞观喷发。富士山最后一次喷发是在1707年（日本宝永4年），这次由宝永山发出的浓烟到达了大气中的平流层，在当时的江户（现称东京）落下的火山灰都积有4厘米厚。此后仍不断观测到火山性的地震和喷烟，一般认为今后仍存在喷发的可能性。
　　根据东京大学地震研究所于2004年4月进行的钻探调查，在上述的3座山体下仍存在更为古老的山体。这第4座山体被命名为先小御岳。
　　宝永山
　　宝永山（ほうえいざん，Houeizan）是富士山周围最显眼的寄生型火山，其形成于日本历宝永四年。位于富士山东南斜面，标高2693米。在宝永山的西侧，有一巨大的火山口。
　　地下水
　　在富士山域降下的雨雪，在地表下形成了地下水脉而涌出，主要有四个景点：忍野八海、白线瀑布、柿 田川、涌玉池。
　　在富士山顶直径约800米的火山口周边，共有8座山峰：
　　名称: （别称） 海拔
　　剑峰 （日本最高峰） 3776米
　　白山岳 （释迦岳） 3756米
　　伊豆岳 （阿弥陀岳） 3740米
　　朝日岳 （大日岳） 3730米
　　势至岳 （成就岳） 3730米
　　三岛岳 （文殊岳） 3730米
　　久须志岳 （药师岳） 3720米
　　驹岳 (浅间岳） 3710米