位于日本京都府京都市左京区，属于代表东山文化的临济宗相国寺派。山号为东山。寺院创立者为室町幕府第8代将军足利义政，开山祖师是梦窗疏石（实际上，梦窗疏石是在该寺院创立前1个世纪左右时的人物，因此被称作“劝请开山”。）。

足利义政在寺内兴建了观音殿，被通称为“银阁”，因此，寺院全体被称为“银阁寺”，这一名称与同在京都的“金阁寺”（正式名称为鹿苑寺）相呼应。

1473年（文明5年），室町幕府第8代将军足利义政将将军职位让于嫡子足利义尚，从1482年开始，在东山的月待山麓开始建造东山山庄（又称东山殿）。这一地区还建有一所净土寺（在应仁之乱中被烧毁），因此近代以后，该地区被称为左京区净土寺。

应仁之乱平息后不久，京都地区民生凋敝，经济疲弊，但是足利义政为了继续建造东山殿，仍大肆向百姓征收税金（段钱）和课以劳役（夫役），独自过着风雅安逸的奢华生活。东山殿的建造共耗时8年，直到义政逝世前不久才正式完工，但义政在其完工前就急于迁至此处居住（1483年）。东山殿内建有会所、常御所等大规模设施，尽管无法与足利义满建造的北山殿（后来的金阁寺）相媲美，但也具备了一定的政治功能。然而，保存至今的建筑物只有银阁和东求堂。

1490年（延德2年）2月，为供奉逝世的义政的化身菩提，东山殿被改为寺院，后作为相国寺的末寺，创立为慈照寺。

日本战国时代末期，慈照寺也曾被关白近卫前久当作别墅，这是因为慈照寺的历代住持多出自近卫家。近卫前久死后，慈照寺作为相国寺的末寺，再次兴盛起来。

1952年3月29日，慈照寺的庭园被日本政府指定为特别史迹和特别名胜。1994年12月17日，慈照寺作为“古京都的历史遗迹”的一部分，被列入世界遗产名录。