富士山是典型的成层火山，从形状上来说，属于标准的锥状火山，具有独特的优美轮廓。至今为止，富士山在山体形成过程中，大致可以分为三个阶段：

小御岳　

古富士　

新富士。其中，小御岳年代最为久远，是在数十万年前的更新代形成的火山。

古富士是从8万年前左右开始直到1万5千年前左右持续喷发的火山灰等物质沉降后形成的，其高度接近标高3000米。据估计，当时的山顶位于现在的宝永火山口北侧1-2公里处。

由于火山口的喷发，富士山在山麓处形成了无数山洞，有的山洞至今仍有喷气现象。最美的富岳风穴内的洞壁上结满钟乳石似的冰柱，终年不化，被视为罕见的奇观。山顶上有大小两个火山口，大火山口，直径约800米、深200米。天气晴朗时，在山顶看日出、观云海是世界各国游客来日本必不可少的游览项目。

距今大约1万1千年前，古富士的山顶西侧开始喷发出大量熔岩。这些熔岩形成了现在的富士山主体的新富士。此后，古富士与新富士的山顶东西并列。约2500-2800年前，古富士的山顶部分由于风化作用，引起了大规模的山崩，最终只剩下新富士的山顶。

据估计，距今1万1千年前到8千年前的3000年间，新富士山顶仍在不断喷发出熔岩。此后，山顶部没有新的喷发，但是长尾山和宝永山等侧火山仍有断断续续的喷发活动。

史上关于喷发的文字记载有：公元800年-802年（日本延历19-21年）的“延历喷发”，以及864年（日本贞观6年）的贞观喷发。富士山最后一次喷发是在1707年（日本宝永4年），这次由宝永山发出的浓烟到达了大气中的平流层，在当时的江户（现称东京）落下的火山灰都积有4厘米厚。此后仍不断观测到火山性的地震和喷烟，一般认为今后仍存在喷发的可能性。典型的圆锥形火山，山顶坡度32°～34°，山麓坡度2°～3°，山底直径35～40公里，火山口直径约800米，深约200米，火山口周围有剑、白山、久须志（药师）、大日、伊豆、成就、驹、三岛8峰，剑峰最高。山麓北侧有山中、河口、西、精进、本栖 5个堰塞湖，统称富士5湖。基岩为中新世火山岩，顶部为全新世火山岩。形成至今约1万年左右，喷出物最大厚度约1500米，把小御岳和古富士两个古火山体覆盖在下面。历次喷出物相继堆积，呈层状构造。公元8世纪有文字记载以来共喷发18次，其中公元800年、864年和1707年3次大喷发。现在山顶成就峰、伊豆峰和山腹宝永火口等处仍有喷气和地热现象。富士山有寄生火山70多座，数量居全国第一。

根据东京大学地震研究所于2004年4月进行的钻探调查，在上述的3座山体下仍存在更为古老的山体。这第4座山体被命名为先小御岳。