JR经营的新干线子弹列车，是从日本各重要城市前往京都最便利最快速的车种，且各级列车都会停靠京都，虽然车资高，但方便度也是最佳的。最快速的车种「Nozomi」号，从东京到京都只需2小时20分鐘，车资為￥13720。从大阪到京都，新干线或东海道本线（一般火车）均仅需半小时左右，车资则视车种等级与路线的不同，从￥1440至￥3280不等。


　　此外，还有多条私营的铁路公司亦有列车往来於京都与周围各城市之间，包括阪急电铁、近畿铁道、京阪电铁、京福电铁、叡山电铁。其中，京阪电车还有一条路线直接进入市中心成為少见的路面电车。