京都市区的交通长久以来因為地下铁不发达,一直都以路线巴士為主。经营市区巴士的公司以「京都市巴士」和「京都巴士」两家為主,再加上JR巴士、京阪巴士、近铁巴士、京都交通巴士、阪急巴士、京阪宇治交通巴士……等,共同构成一个绵密的交通网。
基本上在京都搭巴士和日本其他地方一样,都採后门上、前门下,以在后门口取得的「整理券」上之编号作為车资準则,下车前投现的方式。不过,為了让参观区域大多只在市区的观光客更為方便,在市区所谓「基本票价」(¥220)范围内,有一种七家巴士公司共通的回数票可购买,以省却每次找零钱或在车上利用换钱机器的时间。此外,针对停留时间短、参观区域只在市区,又想在一两天内参观许多地方的观光客,「京都市巴士」和「京都巴士」共同推出所谓的一日乘车券(¥1200)和两日乘车券(¥2000),经济又方便也值得利用。
目前京都已经建成两条地下铁,但是经过的多是商业区与市中心办公区,虽可利用,但对景点散布在市区周边的观光客而言,似乎作用不大。搭乘的方式与台北捷运大同小异,车资则与巴士差不多,一日乘车券与两日乘车券可通用在地下铁。