药师寺是一所位于日本 奈良县奈良市西之京町的寺院。与兴福寺并为法相宗的大本山。本尊为药师如来；开基（创立者）为天武天皇。建于天武天皇9年（680年）。1998年，以古奈良的历史遗迹 的一部分而列入世界遗产名单之中。

南大门

680年，天武天皇为了祈求皇后（即后来的持统天皇）病体早日康复，在藤原京建造了以药师如来为本尊的寺院。但是，寺院尚未完成，天武天皇却不幸去世，继位的持统天皇、文武天皇继续建造寺院，大约于698年建造完成。其后由于都城迁至平城京，寺院于718年迁至现在的地点。

当时以被称为"龙宫"的金堂为中心，建有东西双塔、讲堂、回廊等众多建筑，其后因973年的火灾和1528年的战火，除东塔和东院堂以外，其它建筑都几乎消失了。