日本的交通机构充实，在国内的活动非常便利。运行时刻也很准确。
　　几乎所有来到日本的留学生，都瞠目于日本国内交通机构的发达状况。JR（Japan Railway的字头组合名称，已民营化的曾经是国营铁道的铁道公司的名称）的铁道网布满日本全国。并且，私营铁路线（民间公司的电车、铁道）也以城市为中心发展。从这些铁道和电车的终点站、主要车站开始，公交路线如细的网眼一样延伸。以东京为中心，大阪、名古屋、福冈等大城市中，地下铁也十分发达。
　　交通机构如此地发达，使每天上学、打工通勤、假日旅行等在国内的活动完全没有障碍。但是，多数情况下日本的交通费比外国高，这是一个困扰难点。
　　■上下学利用的交通机构
　　请比较所居住的宿舍和学校（大学、短期大学等）之间的地理条件、和交通费，确定最佳的路线和利用的交通机构。一般住在城市中时，可以综合利用电车、地铁、公共汽车换乘前往。确定宿舍时，考虑到上学的交通便利，选择位于利用一个交通机构就能够达到的位置的宿舍，也是明智之举。大城市早晨的上班、上学时间的高峰混杂状况超出想象，因此，要尽可能避开在高峰时间内用很长时间上学。
　　同上学一样，频繁利用统一路线时，购买有利用次数和金额折扣回数券，或按一个月、三个月、六个月等的不同期间，有特殊折扣的定期券等将会比较便宜，能够降低上学的交通费。若是大学、短期大学等学校的正式学生，在定期费用中，还可以使用折扣率更高的通学定期券。如不是正式学生而是大学院等的研究生、旁听生、以“就学”资格学习的日本语学校的学生等，则不能使用学生折扣，只能使用一般的通勤定期折扣。不过通勤定期也比每次支付交通费便宜。
　　■各种交通机构的特征
　　● 铁道、电车
　　在日本，JR的铁道网遍布全国，特别是在大城市近郊，不仅是JR路线，还有私营铁路线（民间公司的电车、铁道），铁道、电车网非常发达，运营时间也很准确，因此可以说铁道、电车是非常方便的交通工具。私铁，在终点站与JR线连接，作为上下班、上学的交通工具，被众多市民所利用。例如，在东京周边（首都圈），遍布有西武铁道、京王帝都电铁、东武电铁、小田急电铁、东京急行电铁、京浜急行电铁等的私营铁路网络。
　　JR的交通费比其他私铁（民间的电车、铁道）稍高。
　　高峰时间是平日的早7点～9点、晚5点～7点。
　　根据电车的速度和停车站的数量，有各站停车、准急、急行、通勤快速、特急等几种，停车站也不同。乘车时，除乘车券之外，有时还需购买特急券、座席指定券、软席券（头等车）等车票。
　　对于正式学生，可以适用学生折扣的制度，能够特价利用电车、铁路等。其他还有很多各种各样的折扣优惠。
　　● JR新干线
　　新干线是高速的、连接主要城市之间的干线铁路。现在开通有东海道、山阳新干线（东京-博多区间）、东北（东京-盛冈区间）、秋田（盛冈-秋田区间）、山形（福岛-山形区间）新干线、上越新干线（东京-新泻）、长野新干线（东京-长野）。作为商务和旅行的交通工具，被很多人所利用。新干线也有学生折扣等的折扣优惠。
　　● 地铁
　　作为大城市中的重要的交通工具，还有地铁。东京由帝都高速度交通营团运营的路线营团线共有丸内线、东西线、南北线、有乐町线、千代田线、半藏门线、日比谷线和银座线八条路线，东京都运营的都营线有三田线、新宿线、浅草线和大江户线四条路线，能够进行与私铁的相互换乘。 　　另外，大阪、神户、名古屋、横浜、京都、札幌、仙台、福冈也有地铁。
　　● 公共汽车
　　覆盖铁路不能到达地区的是公共汽车路线。交通费有的是线路内统一票价，有的是根据行进距离累计计算，各不相同。基本费用比铁路高，末班车较早，一般为晚9～10点。
　　另外，如高速公路汽车的连接城市之间的高速汽车和夜行汽车也很多。
　　● 出租车
　　根据运行汽车的大小，分为大型、中型、小型，能够乘坐的人数也不同。起始费用（2公里内的基本费用）各地均不相同，东京都内，2公里为660日元。按照行走距离累计计算。晚11点到凌晨5点的夜间费用，增加30%。在高速公路行驶时，还要加上过路费。
　　日本的出租车费用一般比外国高，不是留学生能够轻易利用的交通工具。曾经有从很近的韩国到日本来的留学生，以在本国的感觉乘坐日本的出租车，费用之高令他们大吃一惊。
　　● 私人汽车
　　对于在日本开车，可以在本国取得国际驾驶执照后来日本，或者来日后必须将本国的驾驶执照更换成日本的驾驶执照。到最近的执照考试地点即可进行执照的更换。 　　而有很多不便之处。另外，在日本，由于汽油费高、保养费、税金等也很高，因此，作为留学生利用的交通工具，最好不用私人汽车。
● 航空
　　飞机频繁往返于各主要城市之间，短时间内就可以到达铁路花费很长时间的距离。东京周边（首都圈）的羽田机场是国内航线的主要机场。
　　除日本航空（JAL）、全日空（ANA）、日本空中系统（JAS）等主要航空公司之外，还有新加入的天印航线（SKY）和北海道国际航空（ADO）等公司，日本的国内航空也迎来了航空费用的自由化时代。还出现了各种各样的价格优惠，对于不同的路线，有时比新干线等陆上交通机构更加便宜。