东京是一个包含了23个特别行政区、26个市、5个町和8个村的地方共同团体，但它具有某些区别于其他府县的特点。具体而言，为了确保特别行政区域内行政的整体性和统一性，东京都政府承担“市”的一部分行政事务。因此，在都政府与特别行政区之间存在一个特殊的行政财政体系，这在其他的地方自治体是没有的，称为特别行政区制度。

行政事业

　　按照法律规定，一般属于“市”的事务，诸如供水系统、排水系统和消防等行政事务由东京都来管理执行。

赋税项目

　　东京都政府承担了部分原本属于市范围的行政工作等，因此统一征收在一般城市的情况下属于基本税收的市町村居民税中的法人税部分和固定资产税等。

东京都对特别行政区的财政调整制度

　　东京都政府依据法令，在其自身与特别行政区之间、或者特别行政区之间互相进行财政调整。这种财政调整是因为东京都政府在23区所在的区域内执行了原属于市范围内的行政事务，因此都政府与区政府共同分配税收。目前，三种都税（市町村居民税的法人税部分、固定资产税和特殊土地保有税）的税收按确定比例划拨给了区政府。23个特别行政区之间的财政调整，也是为了调整由于对资金来源的分配不平均而出现的个别行政区的财政收入不平衡而设计的。当一个行政区的基本财政需要超过了自身的基本财政收入的时候，东京都政府将采取划拨的形式加以弥补。

权限转移

　　特别行政区制度经历了过去多次的改革才成为今天这个规模。通过1974 年所实施的改革,特别行政区恢复了公选区长制度，并获得了同其他市一样处理行政事务的权限。但是, 由于特别行政区的特殊性，它们依然被看成是东京都的内部组织,因而造成都政府和特别行政区的工作分担和行政责任方面不够明确；阻碍了特别行政区发展的自主性；还有都政府无法从全方位实施彻底的都政管理等问题。

　　为了解决这些问题，东京都政府和23个特别行政区尝试了各种不同的方法改革这种体制，并要求国家政府修订相关的法律法规。结果，如清扫事业此类与居民生活密切相关的行政工作，应当尽可能移交给特别行政区；同时为了强化财政自主权，提高特别行政区的自主性和自律性，将特别行政区确定于基本的地方公共团体的地位。1998年5月8日通过并公布了《修改部分地方自治法等的法律》。新的都区制度（特别行政区制度）从2000年4月1日起正式开始被实施。