除了前面提到的称为特殊地方公共团体的23个特别行政区外，东京都还包括属于普通地方公共团体的39个市町村（26个市、5个町和8个村）。东京都政府与市町村的行政财政制度上与其他道府县相同。都政府掌管广泛的行政工作，市町村则负责与当地居民日常生活密切相关的各项工作。

行政事业

- 消防事务和供水事业

　　法律上通常把消防事务和供水事业指定为市町村的服务范围。但这些服务在大范围内进行处理可以提高效率，还能减轻财政负担，因此，在东京都内除了一部分市町村，都政府统一处理相关事务。

- 共同处理事务

　　与上面所提到的事业一样，在大范围内进行处理能够取得更高的效率和更大的效果，因此，相关的市町村在地方自治法所规定的基础上，建立起如特殊地方团体一样的事务组合和广域联合。

　　这样的组合在市町村有30个，他们处理服务领域的一系列事务，包括垃圾处理场和焚烧场的设置和管理、公立医院以及收益事业工程的运营等等。

　　此外，还有一个以东京都内所有的区市町村为构成对象的广域联合，以处理高龄者医疗制度的相关事务。

- 东京都的支援项目

　　每一个市町村都在通过不断回顾事业事务的处理情况，努力寻求高效的行政和财政的管理运作，以便于应对越来越多的不同的行政要求，包括出生率降低和高龄人口的增长以及建立安心、安全的社区等问题。但是由于地方经济发展延缓停滞而使市町村税收减少，以及国家政府提出的“三位一体改革”使地方财政结构的变化不透明等问题，虽然行政管理和财政运作的未来状况无法预知，一些地区却很可能陷入更深一层的困难。

　　东京都政府在推进制定政策解决多摩地区和岛屿地区所面临的问题的同时，也向每一个市町村提供解决行政课题的各种援助。

　　东京都政府采取各种各样的援助手段，如东京都政府以支付款项或贷款形式进行财政援助、对改进下水道排水提出技术性建议等，积极推进广域地区的行政管理。